La Quinta Guerra del Santo Grial continúa, y el caos resultante hace que todos los participantes se arriesguen más. Shirou Emiya sigue participando en la guerra, aspirando a ser un héroe de la justicia que salve a todos. Parte en busca de la verdad que se esconde tras una misteriosa sombra oscura y su ola de asesinatos, decidido a derrotarla. Mientras tanto, Shinji Matou pone en marcha sus propios planes, amenazando a Shirou a través de su hermana Sakura Matou. Shirou y Rin Toosaka luchan contra Shinji, con la esperanza de aliviar a Sakura de los abusos de su hermano. Pero la fea verdad de los hermanos Matou comienza a salir a la luz, y muchos oscuros secretos quedan al descubierto.
