El sistema Mizuhanome es un desarrollo muy avanzado que permite entrar en uno de los lugares más intrigantes que existen: la mente humana. Mediante el uso de las llamadas "partículas de cognición" que el autor del crimen deja en la escena del mismo, los detectives de la brigada policial especializada Kura pueden manifestar la mente inconsciente de un criminal como una extraña corriente de pensamientos en un mundo virtual. Su tarea consiste en explorar este plano psicológico, llamado "pozo del id", para revelar la identidad del culpable.
No cualquiera puede entrar en los pozos del id; el requisito previo es haber matado a alguien. Tal es el caso del ex detective Akihito Narihisago, conocido como "Sakaido" dentro de los pozos del id. En su día fue un respetado miembro de la policía, pero la tragedia se cebó con él y pronto se encontró en el otro lado de la ley.
No obstante, Narihisago sigue ayudando a Kura en su encierro. Aunque sus prodigiosas habilidades detectivescas siguen siendo útiles para las investigaciones, Narihisago descubre que no todo es lo que parece, ya que detrás de la serie de casos de asesinato aparentemente independientes se esconde una verdad mucho más siniestra.