El Festival Daihasei ha comenzado, y eso, por supuesto, significa que la Escuela Secundaria Tokiwadai -una prestigiosa escuela secundaria sólo para chicas- también está compitiendo. A pesar de la participación de la "As de Tokiwadai", Mikoto Misaka, las demás alumnas que participan siguen esforzándose al máximo para ganar, sin importar lo imposible que pueda parecer la hazaña contra su poderío.
Sin embargo, no todo es diversión y juegos. Debido al festival, Ciudad Academia se abre al mundo exterior, y varias facciones han comenzado a tramar formas de infiltrarse en la ciudad. Misaka parece estar en su radar, y a medida que avanza el festival, comienzan a surgir personas que acechan desde las sombras...
Toaru Kagaku no Railgun T trae de vuelta al As de Tokiwadai y a sus amigos para que se adentren en el lado oscuro de Ciudad Academia. Desde ataques terroristas hasta despiadados proyectos subterráneos, todo es posible en esta ciudad.
